概要
BioDB
細胞株モジュール
社内で扱っている細胞株の情報と、マイクロチューブ(チューブ)のストック情報とを関連付けて管理します。
ある特性で細胞株を絞り込んでからチューブのストック状況を確認し、使用可能なチューブがあれば保管場所地図を見てチューブを取り出すというような実験の流れに沿った操作を行えます。
- 関連データをまとめて管理
- 購入元のURLや購入時の付属書類、溶液の組成や作成手順、QAデータなどを各細胞株データに添付できます。また、社内細胞株のクローニングおよび形質導入で樹立された新規細胞株を登録すると、その親株との間に自動的に関連付けが行われるので、細胞株の操作履歴を確実に追跡できます。
- チューブの入庫と出庫
- チューブの保管状況がCBIS上でリアルタイムに更新されるので、在庫量や保管場所の空き具合が一目でわかります。入庫と出庫の履歴も管理できます。
- 保管場所の自動割り当て
- ストックの種類やチューブ本数などを元にした任意のルールにしたがい、入庫するチューブを適切なWellに割り当てます。手作業で任意の場所に保管することも可能です。
保管場所地図- 例えば実験室>Tank>Tower>Box>Wellのようなツリーとして保管場所を表示します。ツリー上でBoxを選択するとWellに収められたチューブの配置図が図示されるため、目的のチューブの場所を簡単に見つけることができます。保管場所地図にはレイアウト設定可能な印刷プレビュー機能があり、チューブの入庫や棚卸時に便利です。
プラスミドモジュール
社内で保管しているプラスミドやcDNAの情報とその在庫情報を管理します。
- プラスミド情報管理
- Sequence 4-D Drawで描画したプラスミドマップを読み込むことで、マップと配列情報を登録できます。合わせてプロモーター・プライマー・耐性・レポーター遺伝子・宿主・などプラスミド固有の情報や、ファイルとして提供されるMSDSなどの安全性情報を登録できます。登録したマップや配列ファイルはCBIS画面からダウンロードできます。
- プラスミドのストック情報管理
- プラスミドを保存しているチューブの保管場所や環境、本数などの在庫情報を管理します。チューブの保管場所変更にも対応し、入庫・出庫・移動の履歴を記録します。オプションでバーコードも利用できます。
- プラスミドの入手元管理
- プラスミドの入手元であるメーカーや外部研究者の連絡先を合わせて管理できるので、問い合わせが必要なときに便利です。
描画ツール: Sequence 4-D Draw
- cDNA配列をアミノ酸配列に翻訳
- 制限酵素サイトやORFなどのアノテーション追加
- GC比・Tm・塩基長の計算
- 複数のプラスミドをマージ
- マージしたDNA情報の管理
(マザープラスミド・制限酵素・塩基長など)