高速で汎用的な計算方法により、候補分子の絞り込みや、分子の類似度の算出に利用できます。

	結合パスに基づく分子パターン情報
	・	特定の構造に依存せず、分子全体の構造情報を反映します。
	・	わずかな構造の差異にも敏感ですので、コンビケムライブラリの絞り込みなどに強力に威力を発揮します。

	高速な検索
	・	ビット演算であるため、SMILESやSMARTSによる構造の比較よりも遥かに高速です。
	・	フィンガープリントであらかじめ候補を絞り込めば、検索時間を大幅に短縮できます。

	可変長フィンガープリント
	・	結合パスの最大長を指定することで、フィンガープリントの長さを変えることができます。
	・	長ければ「情報量優先」、短ければ「省スペース・高速化」。用途に合わせて自由に長さを調節できます。
	・	長いフィンガープリントは、短いフィンガープリントに圧縮可能です。

特定の構造に特化したフィンガープリント

環状構造同士や光学異性体・幾何異性体同士では結合パスが同一となってしまいますが、このような構造に対しては、その特殊性を考慮して類似度を算出する手法も試みられています。
ソースコードがそれぞれ contrib/fingerprint/ringfinger.c、contrib/fingerprint/chifinger.c として提供されています。なお、コンパイルおよびご利用にはDaylightツールキットが必要です。