概要
GENEVESTIGATORの解析ツール
GENEVESTIGATORの解析ツールは分子生物学に精通した研究者が設計しており、非常に使いやすいインターフェースになっています。注目する遺伝子や実験条件など様々な視点で遺伝子発現データを多角的に解析できます。4種類に分類された19個の解析ツールを搭載しています。
Single Experiment Tools
Single Experiment Toolsはサンプルごとの遺伝子発現量を表示したり、1つの実験での発現変動遺伝子を同定する解析ツールです。SamplesとDifferential Expressionの2つの解析ツールが利用できます。
- Samples
- サンプルごとに指定した遺伝子あるいは遺伝子群の発現量の絶対値をヒートマップやスキャッタープロットで表示します。
- Differential Expression
- 1つのSeries(実験)において指定した実験群と対照群で発現が有意に異なる遺伝子をスキャッタープロットまたはボルケノプロットで表示します。右のアイコンをクリックすると解析結果の例を表示します。Nebion社がDifferential Expression toolのビデオチュートリアルを公開しています。
Condition Search Tools
Condition Search Toolsは、注目する遺伝子が特異的に発現している組織や発生段階あるいは有意に発現変動している実験条件を同定する解析ツールです。Condition Search Toolsにより組織、ガン、遺伝子型、疾患、化合物、薬剤など様々な条件で注目する遺伝子の評価や優先順位付けができます。下記の5つの解析ツールが利用できます。
- Anatomy
- 組織ごとに指定した遺伝子あるいは遺伝子群の発現量の絶対値をボックスプロットやヒートマップ、スキャッタープロットで表示します。右のアイコンをクリックすると解析結果の例を表示します。
- Cell Lines
- 細胞株ごとに指定した遺伝子あるいは遺伝子群の発現量の絶対値をボックスプロットやヒートマップ、スキャッタープロットで表示します。
- Cancers
- ガンの種類ごとに指定した遺伝子あるいは遺伝子群の発現量の絶対値をボックスプロットやヒートマップ、スキャッタープロットで表示します。
- Perturbations
- 疾患、薬剤、化合物、遺伝子など様々な要因に対して指定した遺伝子あるいは遺伝子群の発現量の対照群に対する相対値をヒートマップやスキャッタープロットで表示します。Nebion社がPerturbations toolのビデオチュートリアルを公開しています。
- Development
- 発生の段階ごとに指定した遺伝子あるいは遺伝子群の発現量の絶対値をボックスプロットやヒートマップ、スキャッタープロットで表示します。
Gene Search Tools
Gene Search Toolsは、注目する実験条件で他の条件と比較して有意に発現している遺伝子を同定する解析ツールです。Gene Search Toolsにより組織、ガン、遺伝子型、疾患、化合物、薬剤など様々な条件で標的遺伝子やバイオマーカーを探索できます。下記の7つの解析ツールが利用できます。
- Anatomy
- 組織ごとに有意に発現している遺伝子をヒートマップで表示します。Nebion社がAnatomy toolのビデオチュートリアルを公開しています。
- Cell Lines
- 細胞株ごとに有意に発現している遺伝子をヒートマップで表示します。
- Cancers
- ガンの種類ごとに有意に発現している遺伝子をヒートマップで表示します。
- Perturbations
- 疾患、薬剤、化合物、遺伝子など様々な要因に対して発現が有意に上昇または低下している遺伝子をヒートマップで表示します。右のアイコンをクリックすると解析結果の例を表示します。
- Development
- 発生の段階ごとに有意に発現している遺伝子をヒートマップで表示します。
- RefGenes
- 指定した遺伝子または遺伝子群を定量PCRする際に使用する参照遺伝子を探索する解析ツールです。指定した遺伝子または遺伝子群と同程度の発現量で最も発現のばらつきの少ない遺伝子をリストアップします。右のアイコンをクリックすると解析結果の例を表示します。Nebion社がRefGenes toolのビデオチュートリアルを公開しています。
- Ortholog Search
- 他の生物種の相同遺伝子を検索します。
Similarity Search Tools
Similarity Search Toolsは、様々な実験条件での発現パターンに基づいて遺伝子をグループ化したり分類したりする解析ツールです。下記の5つの解析ツールが利用できます。
- Hierarchical Clustering
- 組織やガン、発生の段階などの条件で指定した遺伝子群の階層型クラスタリングを表示します。右のアイコンをクリックすると解析結果の例を表示します。
- Biclustering
- 組織やガン、発生の段階などの条件で指定した遺伝子群のバイクラスタリングを表示します。Nebion社がBiclustering toolのビデオチュートリアルを公開しています。
- Co-Expression
- 組織やガン、発生の段階などの条件で指定した遺伝子と共発現する遺伝子群を表示します。Nebion社がCo-Expression toolのビデオチュートリアルを公開しています。
- Signature
- 指定した遺伝子群の遺伝子発現パターンと類似または相違する発現パターンの組織、ガン、発生の段階などの条件を表示します。右のアイコンをクリックすると解析結果の例を表示します。Nebion社がSignature toolのビデオチュートリアルを公開しています。
- Gene Set Enrichment
- 指定した遺伝子群がどのオントロジーやパスウェイで濃縮されているかを表示します。Nebion社がGene Set Enrichment toolのビデオチュートリアルを公開しています。
- Partek
- ＮＧＳ／マイクロアレイデータ解析ソフトウェア