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- 2019年1月8日
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弊社社員が執筆した書籍上梓のお知らせ
弊社社員(池田)が共著者として執筆した「フロンティア軌道論で理解する有機化学(稲垣都士・池田博隆・山本尚著、化学同人)」が上梓されました。
本書は、福井謙一先生が提唱したフロンティア軌道論によって化学反応を理解するための入門書と位置付けられます。豊富な軌道図による図解と詳細な解説により、軌道論になじみのない方にも分かり易く書かれております。
弊社社員が執筆した書籍上梓のお知らせ弊社社員(池田)が共著者として執筆した「フロンティア軌道論で理解する有機化学(稲垣都士・池田博隆・山本尚著、化学同人)」が上梓されました。 本書は、福井謙一先生が提唱したフロンティア軌道論によって化学反応を理解するための入門書と位置付けられます。豊富な軌道図による図解と詳細な解説により、軌道論になじみのない方にも分かり易く書かれております。 |
Database AutoPH4: pharmacophore analysis of multiple protein structures
Chris Williams (Chemical Computing Group ULC)
Abstract: An automated approach to summarize pocket shapes and binding hot-spots from a collection of protein structures is presented. Pocket shapes are described using pocket volumes derived from Alpha Sites and molecular surfaces. Binding hot-spots are located using pharmacophore features generated by AutoPH4. Collections of pocket volumes and pharmacophores are analyzed using feature densities which map onto a universal grid the fraction of structures that possess a given feature at each point in space. Regions with high pharmacophore feature densities identify the most persistent interaction binding hot-spots over the collection of structures. Pocket volume densities detect and classify binding site regions into core pockets and sub-pocket regions. Fingerprints that represent pocket shape, sub-pocket presence and pharmacophore feature presence are derived and used to cluster and classify multiple protein structures using standard fingerprint clustering tools. Application of the method to fragment-based drug design, minor pocket detection, selectivity mapping, binding-mode classification and custom docking scoring function creation is presented.