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- 2022年3月18日
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第432回CBI学会講演会で講演いたしました
第432回CBI学会講演会「結合自由エネルギー計算は創薬研究戦略を変えるか」で以下の内容で講演しました。
「自由エネルギー計算を活用した低分子創薬へのアプローチ」
関連ソフトウェアは MOE と BIOVIA COSMOtherm です。資料をご希望の方はお問い合わせよりご連絡ください。
第432回CBI学会講演会で講演いたしました第432回CBI学会講演会「結合自由エネルギー計算は創薬研究戦略を変えるか」で以下の内容で講演しました。 「自由エネルギー計算を活用した低分子創薬へのアプローチ」 資料をご希望の方はお問い合わせよりご連絡ください。 |
Database AutoPH4: pharmacophore analysis of multiple protein structures
Chris Williams (Chemical Computing Group ULC)
Abstract: An automated approach to summarize pocket shapes and binding hot-spots from a collection of protein structures is presented. Pocket shapes are described using pocket volumes derived from Alpha Sites and molecular surfaces. Binding hot-spots are located using pharmacophore features generated by AutoPH4. Collections of pocket volumes and pharmacophores are analyzed using feature densities which map onto a universal grid the fraction of structures that possess a given feature at each point in space. Regions with high pharmacophore feature densities identify the most persistent interaction binding hot-spots over the collection of structures. Pocket volume densities detect and classify binding site regions into core pockets and sub-pocket regions. Fingerprints that represent pocket shape, sub-pocket presence and pharmacophore feature presence are derived and used to cluster and classify multiple protein structures using standard fingerprint clustering tools. Application of the method to fragment-based drug design, minor pocket detection, selectivity mapping, binding-mode classification and custom docking scoring function creation is presented.