Daylight C.I.S.社製ソフトウェアには、一般的な構造検索とは異なり、二種類の構造検索が用意されています。

Superstructure検索

・	クエリ分子を部分構造として含む構造（スーパーセット）を検索します。
・	いわゆる「部分構造検索」です。

Substructure検索

・	クエリ分子の部分構造（サブセット）を検索します。
・	クエリ分子の合成に必要な試薬の探索などに利用できます。