GENEVESTIGATORにはSingle Experiment Tools、Condition Search Tools、Gene Search Tools、Similarity Search Toolsの4種類に分類された19個の解析ツール群が搭載されています。これらの解析ツールを使うことで様々な応用分野の遺伝子発現解析にGENEVESTIGATORを活用できます。

機能ゲノム科学

注目する遺伝子が発現しているのはどのような実験条件（組織や発生段階など）かを調べることにより遺伝子の機能を明らかにします。また、注目する遺伝子と類似の発現パターンを示す遺伝子群を解析することも遺伝子機能の解明に役立ちます。心疾患に関連する遺伝子の機能解析事例についてはこちらをご参照ください。

標的遺伝子の優先順位付け

標的遺伝子が様々な実験条件でどのように発現しているか、あるいは標的遺伝子がどのようにクラスター化されるかを調べることにより標的遺伝子の優先順位を決定します。

バイオマーカーの同定

注目する組織や癌種あるいは発生段階で特異的に発現している遺伝子を調べたり、注目する刺激に対して特異的に発現が上昇したり低下したりする遺伝子を調べることによりバイオマーカーを同定します。また、１つの実験で実験群と対照群を比較して発現変動遺伝子リストを作成することもできます。バイオマーカー同定の解析事例についてはこちらをご参照ください。

発現変動遺伝子リストの解釈

発現変動遺伝子が類似の発現パターンを示す実験条件を調べたり、発現変動遺伝子を組織や発生段階でクラスタリングすることにより発現変動遺伝子がどのような働きをしているかを調べます。

遺伝子調節ネットワークの解析

注目する遺伝子と共発現する遺伝子を調べたり、注目する遺伝子が組織や発生段階でどの遺伝子とクラスター化されるかを調べることにより遺伝子調節ネットワークを解析します。

実験計画の改善

マイクロアレイや次世代シーケンサーで遺伝子発現解析を行う前に既知の遺伝子発現データを調べることにより実験計画をより良いものにすることができます。

ドラッグ・リポジショニング

既存薬の標的遺伝子がどのような組織や発生段階で発現しているかを調べることにより新たな適応の候補を得ることができます。注目する疾患の遺伝子発現変動と逆の結果になる薬剤や開発化合物を調べることでリポジショニングを行う化合物の候補を得ることができます。リポジショニングの解析に適したNIH LINCS L1000 projectのデータを利用できます。