GENEVESTIGATORのデータベース

GENEVESTIGATORのデータベースは、遺伝子発現データ、サンプル情報、オントロジー情報、遺伝子型情報など多様な情報を含みます。複数のマイクロアレイ(アフィメトリクス、アジレント、イルミナ)や次世代シーケンサー(イルミナ)で測定した20の生物種の遺伝子発現データが登録されています。170以上のヒトの疾患関連の遺伝子発現データも登録されています。

下の表はGENEVESTIGATORのデータベースの概要です(2018年2月現在)。ヒト、マウス、ラットといった動物、シロイヌナズナやダイズ、イネをはじめとする植物、酵母や大腸菌のキュレーションされた遺伝子発現データが登録されています。実験数とサンプル数は公共データベースに登録された元データの実験数やサンプル数に対応しています。実験条件、遺伝子型、組織、ガンは各区分で遺伝子発現データが存在する個々のカテゴリの数を表しています。

※ ヒトのデータにTCGAの結腸腺がん(COAD)と直腸腺がん(READ)の667サンプルのデータが追加されました。(2017年10月)
※ ヒトのデータにNIH LINCS Projectの78,980サンプルのデータが追加されました。(2016年5月)