MOEのグラフィカルユーザインターフェース(GUI)は、原子表示、タンパク質やDNAのリボン表示、分子表面や表面特性マップ、各種相互作用の表示機能を搭載しています。ぼかし効果や光源の指定といった高度なレンダリング機能も適用可能で、プレゼンテーションや論文作成に適した画像・動画を簡単に作成できます。また分子の回転・拡大/縮小・移動、分子表面の断面表示も可能ですので、活性部位周辺の観察やリガンド結合様式の解析にも利用できます。

さらに、立体視のための各種ハードウェアやアナグリフメガネ(赤-シアンもしくは緑-マゼンタ)、zSpaceによるVR表示にも対応しています。
パワーポイントやウェブページへの分子表示の埋め込み、動画の出力、分子構造の3Dプリンターへの出力も対応しています。

MOEウィンドウ内の複数の複合体をまとめて管理します。システムに読み込まれている受容体・リガンド・溶媒を自動分類します。重要残基やポケット残基などのオブジェクトセットを自由に定義可能です。描画スタイルの切替、原子やリボン、分子表面の表示/非表示、分子オブジェクトの属性などを管理します。

リガンドとタンパク質、またはDNA等との複合体において、水素結合、CH−π相互作用、ハロゲン結合、ファンデルワールス接触の情報を立体構造と同時にリアルタイムに表示できます。相互作用エネルギーは拡張ヒュッケル法を用いて高速に定量的に見積もります。
また、複合体構造からリガンド結合部位の2次元相互作用図を作成できます。この2次元図は、立体構造に基づき周辺残基の位置関係やポケットの輪郭、相互作用情報、溶媒露出度が直感的に分かるように描画されます。

MOEは、計算化学で使用される大量のデータを効率よく処理する独自の分子データベースを搭載しています。分子構造、数値データ、文字データを統一的に管理することができます。また、SDファイルやASCIIファイルの読み込み/書き出しが可能で、この分子データベースでは、SDファイルの情報をおよそ 5分の1に圧縮して保存することができます。

MOEには低分子や分子フラグメント、タンパク質など様々なデータコンテンツが提供されています。低分子データベースとして、リードライク化合物、分子フラグメント、RECAPフラグメント、ChEMBLフラグメントが搭載されています。それらは配座解析の処理が事前に行われており、即座にドッキングやファーマコフォア検索などのバーチャルスクリーニングやFBDDに利用できます。

タンパク質データベースとして、PDB立体構造データベースやタンパク質ファミリー配列データベース、創薬やエピジェネティックターゲットに利用できる16種類のMOEプロジェクトデータベースが提供されています。MOEプロジェクトデータベースには、標的タンパク質のリガンド結合部位での重ね合わせ構造、リガンド構造、重要残基の構造アノテーション、アラインメント情報、リガンドの物性値、電子密度、実験値などのSBDDに活用できる様々な情報が収録されます。MOEプロジェクトデータベースは、専用の検索パネルが搭載されており、ユーザー独自の定義でプロジェクトデータベースを作成することができます。