リードライク化合物データベース

35以上の試薬提供会社のカタログより収集したリードライク化合物の配座解析データベースです。約65万件の化合物、約4,500万配座が収録されています。ファーマコフォア検索やドッキングシミュレーションなどに利用できます。

分子フラグメントデータベース

約75万件のフラグメント構造データベース（1,704万配座）です。母核構造置換やフラグメント付加・連結に利用できます。

ChEMBLフラグメントデータベース

ChEMBL*)データベースをもとに生成した約78万件フラグメントデータベースです。フラグメントベースの分子設計に利用できます。
* https://www.ebi.ac.uk/chembl/

RECAPフラグメントデータベース

逆合成を考慮して考えられたRECAPルールにより分割された約2万5千件のフラグメントデータベースです。合成しやすさも加味したバーチャルライブラリーの構築に利用できます。

Building Block試薬データベース

化合物構造とベンダー名・コード番号を収録したデータベースです。化学反応に基づいたバーチャルライブラリーを生成することができます。

反応物に該当する試薬をライブラリーから自動的に検索し生成物を構築

MOEプロジェクトデータベース

タンパク質立体構造を用いた薬物設計には、受容体の立体構造以外に、配列、リガンド、物性、構造アノテーション、電子密度、実験値など様々な関連データの活用が重要です。MOE Project データベースは、それらの散在したデータソースを整理し集約可能なタンパク質立体構造データベースとしてまとめたものです。受容体はリガンド結合部位で重ね合わせされ、種、ファミリー、リガンド構造、リガンドの物性値、PLIF情報、タンパク質の構造アノテーション等を収録しています。MOE Projectデータベースからは、キーワード検索の他に、アミノ酸配列、リガンド構造、ポケット構造、相互作用等の柔軟な構造検索が可能です。以下のデータベースを標準搭載し、ユーザーによる最新データへのアップデートもできます。ユーザーによるオリジナルのMOEプロジェクトデータベースの構築も可能です。

標準MOEプロジェクトデータベース
ABC Transporter, Antibody, Aspartic Protease, Bromodomain, Carbonic Anhydrase, GPCR Class A, Histone Acryltransferase, Histone Deacetylase, Ion Channel, Ionotropic Glutamate Receptor, Matrix Metallprotease, Nuclear Receptor, Phosphoinostitide 3-Kinase, Protein Kinase, Protein Phosphodiesterase, Trypsine-like Serine Protease, TCR and MHC

MOEプロジェクトデータベース(Protein Kinase)の一部。活性部位で重ね合わせされており、配列と構造にアノテーション（色がついている部位）が付加されている。

タンパク質非冗長構造ドメインデータベース

配列の重複を除いたタンパク質のみのデータベースです。ホモロジーモデリングのテンプレートとして利用します。

タンパク質ファミリー配列データベース

ホモロジー検索に利用するファミリーごとにクラスタリングされたタンパク質配列データベースです。配列検索は、インターネットを利用せずローカル内で実行します。

アミノ酸・核酸 側鎖配座データベース

LowModeMDによって作成された側鎖構造の配座解析データベースです。ホモロジーモデリングやProtein Design、タンパク質や核酸の変異体構築に利用できます。新規の修飾アミノ酸や修飾核酸の側鎖配座も追加できます。

化合物カタログデータベース

各社が取り扱っている化合物カタログのデータベースです。MOE用のMDBに変換したファイルを入手することができます。データベースの詳細や入手方法はこちらをご参照ください。
化合物カタログは、MOE-QFSSを用いて高速検索することも可能です。