アプリケーション
ChIP-seq
クロマチン免疫沈降（ChIP）とNGSを組み合わせた技術（ChIP-seq）は、遺伝子発現を調節するためにタンパク質がどのようにDNAと相互作用しているかを決定するために用いられます。Partekは始まりから終わりまで解析過程全体に対応した使いやすい解析ツールを提供します。
高速で簡単な解析
ChIP-seqは、転写因子や他のタンパク質のDNA結合部位をゲノム全体にわたって検出する強力な解析方法です。ピークを検出したりピークの配列からモチーフを検出したりするための解析ツールが数多く利用可能になっていますが、ほとんどはコマンドの入力が必要です。PartekはChIP-seqの解析パイプライン全体をすばやく簡単に構築するためのGUIを提供しています。パイプラインはATAC-seq、MNase-seq、DNase-seqなどの他のゲノム部位解析に対しても簡単に構築できます。
ChIP-seqと他の解析の統合
転写因子は遺伝子発現を制御します。PartekのソフトウェアはChIP-seqとRNA-seqの解析を簡単に1つの解析に統合できます。ChIP-seqのデータでピークと転写因子結合部位を検出すると、ピークは最も近い転写開始部位を見つけるためのアノテーション付けができます。ChIP-seqのデータから得られた標的遺伝子のリストはRNA-seqのデータから得られた発現変動遺伝子のリストとベン図を使って比較できます。Partekの染色体ビューアーはピークと発現変動遺伝子を一緒に表示できます。