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機能
検索
- 高速なテキスト検索
単語のインデクシングにより、googleライクな高速なテキスト検索を行います。
- タンパク質／抗体アミノ酸配列検索
BLASTを内蔵しており、タンパク質、抗体の重鎖／軽鎖にターゲットを絞った配列検索を行います。
- 類似ポケット構造検索
配列やフォールディングに依らず、Cαの位置の重ね合わせから、類似の活性部位を持つタンパク質を検索します。
- 3D相互作用検索
タンパク質−リガンド間の原子間距離、角度、二面角を指定して、立体構造検索を行います。
- 化合物部分構造・類似構造検索
ChemDrawなどの使い慣れたスケッチツールで構造を指定し、リガンドの構造検索を行います。
タンパク質立体構造の重ね合わせ
- タンパク質立体構造全体の重ね合わせ
リガンド結合部位に重み付けした配列アラインメントを基準に重ね合わせます。
- ポケット類似性による重ね合わせ
配列に依らずリガンド結合部位において、同じ性質を持つ残基が重なるように重ね合わせます。
- リガンド構造による重ね合わせ
低分子の構造アラインメントによる重ね合わせを行います。
- 重ね合わせ構造における相互作用の比較
比較する2つの2D相互作用図を作成して、タンパク質−リガンド相互作用の違いを分かりやすく表示します。
- 重ね合わせ構造のMOEへの読み込み
重ね合わせ構造をMOEに取り込み、より詳しい解析を行うことができます。
データ表示
- リガンド結合部位の2D/3D表示
リガンドごとに、タンパク質のリガンド結合部位の2D/3D図を並べて表示します。
- 電子密度図の描画
2Fo-Fc図などの電子密度の等値面を3D描画します。
- タンパク質機能部位のアノテーション
活性部位の残基、抗体のCDR、キナーゼの各種モチーフ
- アミノ酸配列のアノテーション
InterProScan、SCOPを用いた、GO、ファミリーなど多数の配列アノテーション
データ更新とバージョンコントロール
- PDBデータの自動更新
毎週PDBデータの更新に合わせて、自動的に最新データに更新します。個々のPDBデータの更新履歴も確認できます。
- in-houseデータの簡単な登録
in-houseのX線結晶構造や、タンパク質モデル構造、ドッキングシミュレーションデータなどを登録することができます。ユーザーによる個別登録や、バッチ処理による一括登録を行うことができます。
- タンパク質機能部位のアノテーション
活性部位の残基、抗体のCDR、キナーゼの各種モチーフ
- コメントフォーラム
エントリーごとに、掲示板形式のコメント欄に構造データの修正情報など任意のコメントを書き込むことができます。
