MOE 新機能紹介セミナー開催(11/26 ／ オンライン)本セミナーでは、オンラインにてMOEの最新バージョンであるMOE 2024.06の新機能と機能強化を中心に、デモンストレーションを交えて紹介いたします。さらに、有機分子の高品質な三次元分子構造を高速かつ高効率的に生成するソフトウェアCORINAのMOEインターフェースを紹介いたします。 本セミナーには、MOEにご興味をお持ちいただいている方でしたらどなたでもご参加いただけます。MOEユーザーはもちろんのこと、計算化学にご興味をお持ちの方、分子モデリングソフトウェアの導入をご検討されている方など、多くの方々のご参加を心よりお待ち申し上げます。 当日ご都合が合わず参加できない方でも、参加登録いただければ、後日、録画動画をご案内いたします。 |
Database AutoPH4: pharmacophore analysis of multiple protein structures
Chris Williams (Chemical Computing Group ULC)
Abstract: An automated approach to summarize pocket shapes and binding hot-spots from a collection of protein structures is presented. Pocket shapes are described using pocket volumes derived from Alpha Sites and molecular surfaces. Binding hot-spots are located using pharmacophore features generated by AutoPH4. Collections of pocket volumes and pharmacophores are analyzed using feature densities which map onto a universal grid the fraction of structures that possess a given feature at each point in space. Regions with high pharmacophore feature densities identify the most persistent interaction binding hot-spots over the collection of structures. Pocket volume densities detect and classify binding site regions into core pockets and sub-pocket regions. Fingerprints that represent pocket shape, sub-pocket presence and pharmacophore feature presence are derived and used to cluster and classify multiple protein structures using standard fingerprint clustering tools. Application of the method to fragment-based drug design, minor pocket detection, selectivity mapping, binding-mode classification and custom docking scoring function creation is presented.