QSAR関連

QuaSAR-Evolution

作成日：　2001年12月27日

最終更新日：　2015年2月12日

作成者：　株式会社モルシス

概要：　遺伝的アルゴリズムを用いた記述子の自動選択

QSARにおける記述子選択の問題について、現バージョンのMOEでは、以下の4種類 の方法をとることができます。

• Correlation Matrixで共線性のある記述子をチェックする

• QuaSAR-Contingencyで、従属変数と相関性がなさそうなものを除外する

• QuaSAR-Model実行後、寄与の少ない記述子を順次削除する

• QuaSAR-Classifyで、判別に大きく寄与する記述子をチェックする

しかしながら、重回帰分析において、記述子の自動選択が可能なStepwise regressionなどの一般的な手法は、今のところ搭載されていません。

　　QuaSAR-Evolutionは、ご要望の多い記述子の自動選択が可能なQSARの手法とし て、遺伝的アルゴリズム(GA)を弊社でコード化したものです。　GAは、Stepwise regressionやPLSに比べてモデル構築に時間はかかりますが、一般的に、よりシ ンプルで予測精度の高いモデルを得ることができます。　また、複数のモデルを 同時に進化させるという特徴から、モデル構築に必須な記述子を容易に見つけ出 すことも可能です。　

2006年版の主な改良点は以下のとおりです(改良点１〜8は2005年版で改訂済)。

■主な改良点■
１．Essential Descriptor設定の追加
必ず使用する記述子をEssential Descriptorにおいて指定することができます。

２．Operantの追加
１次以外の項（2次、3次、平方根、対数、指数等）を含めた式を自動的に作成するこ とができるようになりました。

３．Reliability出力
モデルを使用してテストセットの活性値を予測する際、 Reliabilityというフィールド に、トレーニングセットの活性値の範囲内か外かのフラグを出力します。

４．Model CalculationパネルBrowseボタン追加
ファイル指定をGUIからできるようにしました。

５．Model CalculationパネルOpenボタン追加
指定したファイルを直接開くことができるようにしました。

６．MolFilterと併用した場合に競合していたGlobal関数をLocal関数に変更し、不具合を解消しました。

７．同じ記述子が、オペラントを使用した項と使用しない項、2つ存在する式について Cross Validationを行った時に発生していた不具合を解消しました(2004年10月1日改訂)。

8．Cross Validationを20%の設定で行った時に発生していた不具合を解消しました。

９．バッチモードで計算ができるように、GUIからスクリプトが書き出せるようにしました。Write ScriptボタンでYes:　Continue　No:　Run　のバッチを書き出すことができます( 2006年2月22日改訂)。　

１０． .fitファイルに書き出すためのユーティリティmdb2fitを追加しました。コマンドウインドウにおいてmdb2fit[]とタイプします( 2006年2月22日改訂)。

１１． 活性値計算用のGUIの起動コマンドをModelCalc[]に変更しました(2006年2月22日改訂）。　

１２．数値フィールドがない分子だけのデータベースで予測値を求める時に発生していた不具合を解消しました( 2006年2月22日改訂)。

１３．トラジェクトリファイルに、LOFなどの評価関数のその時点における最良モデルの値と全モデルの平均値を書き出すようにしました(2006年6月12日改訂）。

１４．重要な記述子については、トラジェクトリファイルのプロット領域に、全モデル中の存在量を、自動的にプロットするようにしました(2006年6月12日改訂）。

１５．Training Setと異なるMDBをTest Setと使用した際に、Expression is not a finite scalar numberのエラーが出力される不具合を解消しました(2007年3月5日改訂)

１６．MOE2009.10に対応しました(2010年2月13日改訂)

１７．作業ファイルが c:\ など Windowsのドライブルートにある場合にエラーとなる不具合を修正しました(2010年11月29日改訂)

１８．Contingency を、オプションがオンになっているときにのみ計算するようにしました(2014年5月20日改訂)

使用方法：　

このページから ga.svlとQuaSAR_Evolution_manual.pdf をダウンロードしてください。

インストール方法や、操作方法はQuaSAR_Evolution_manual.pdf をご参照ください。