作成日：　2002年8月6日

作成者：　株式会社モルシス

更新日：2016年2月3日

概要：

　　選択された複数の原子を代表する pseudoatom を定義し、各原子との間に距離拘束を掛けます。これは、 $MOE/svl/run/restrain.svl に pseudoatom を定義する部分を付け加えたものです。

設定方法：

1. restrain.svl を現在ディレクトリに置く。



2. 添付ファイルを元のファイルと置き換える。
   1. $MOE/custom/svl/run ディレクトリを表示する。(存在しない場合は作成してください)
   2. ファイル restrain.svl をこのディレクトリにコピーする。

使用方法：

1. A の場合：
   MOE ウィンドウのコマンドラインインターフェースで、
   
   run 'restrain.svl'
   
   と入力する。
   
   B の場合：
   
   MOE | Edit | Potential | Restraints...
   
   で Restraint 定義モジュールを起動する。
2. Restrain: pseudoatom を選択する。
3. Pseudoatom にしたい原子をピックして選択する。
   既に選択されている原子を非選択にするには、その原子を再度ピックする。
4. Create をクリックして、 pseudoatom を作成する。

　　Pseudoatom は、選択された原子座標の平均の位置に生成され、原子との距離と同じ 上下限距離に、デフォルトで 10 倍の Weight を持つ拘束が掛けられます。

　　NOE に基づく距離拘束は、 pseudoatom と原子間の場合は、 pseudoatom が代表する 原子と原子間の拘束距離に、その原子から pseudoatom への距離を加えて補正して下さい。

r_U(PseudoA - AtomB) = r(PseudoA - AtomA) + r_U(AtomA - AtomB)

　　同様に pseudoatom 間の距離拘束には、 pseudoatom からそれぞれが代表する原子へ の距離を加えて下さい。

r_U(PseudoA - PseudoB)
 = r(PseudoA - AtomA) + r_U(AtomA - AtomB) + r(AtomB - PseudoB)